2008年衛生應急工作總的指導思想是：認真學習貫徹黨的十七大精神，以鄧小平理論、“三個代表”重要思想為指導，深入貫徹落實科學發展觀，全面實施《中華人民共和國突發事件應對法》（以下簡稱《突發事件應對法》）、《突發公共衛生事件應急條例》、《國家突發公共事件總體應急預案》、《國家突發公共衛生事件應急預案》、《國家突發公共事件醫療衛生救援應急預案》，貫徹落實《國務院關于全面加強應急管理工作的意見》、《衛生部關于加強領導完善機制全面推進衛生應急工作的通知》和《全國衛生部門衛生應急管理工作規范》，進一步完善衛生應急機制、體制和法制，加強衛生應急管理體系、預案體系建設，切實落實衛生應急工作總體部署和各項措施，積極推進衛生應急工作全面展開，不斷提高應對突發公共衛生事件的能力。
一、學習貫徹黨的十七大精神，增強衛生應急工作的使命感和責任感
全面做好衛生應急工作是堅持以人為本，深入落實科學發展觀、構建社會主義和諧社會的重要內容和保障，也是建立基本醫療衛生制度，提高全民健康水平，實現健康中國2020目標的重要組成部分和條件。不斷增強危機意識、責任意識，切實加強領導，突出“一案三制”建設的重點，進一步強化衛生應急工作常態管理，建立長效發展機制，努力實現黨的十七大提出的“提高突發公共衛生事件應急處置能力”的目標要求。
二、貫徹實施《突發事件應對法》，落實《突發公共衛生事件應急條例》
深入學習、廣泛宣傳、全面理解《突發事件應對法》的重要意義和對衛生應急工作重要的法律保障作用，結合衛生應急工作實際，認真貫徹實施《突發事件應對法》，完善相關配套制度，落實各項衛生應急措施，堅持依法開展衛生應急工作。組織《突發事件應對法》專題學習，對從事衛生應急工作人員進行系統培訓。開展《突發公共衛生事件應急條例》實施情況的檢查。不斷完善以《突發事件應對法》為基礎，以《突發公共衛生事件應急條例》等衛生應急專門行政法規為主體的衛生應急法律法規體系。
三、落實衛生應急管理工作規范，不斷提高衛生應急管理工作的水平
結合各地實際，認真貫徹落實《全國衛生部門衛生應急管理工作規范》，切實加強衛生應急工作的組織領導和機構建設，逐步建立健全中央、省、市（地）、縣四級衛生應急工作管理體系，不斷完善衛生應急管理體制；進一步明確和落實衛生應急工作機構的各項工作職能，規范衛生行政部門、醫療衛生機構衛生應急工作的開展，全面提高衛生應急工作管理水平；加強基層衛生應急管理工作，抓好衛生應急綜合示范區的建設，不斷提高基層預防和應對突發公共衛生事件的能力；充分發揮專家咨詢委員會的作用，健全衛生應急專家庫和各級各類醫療衛生應急隊伍；建立健全現代科學的應急管理體制和機制。
四、著力夯實衛生應急工作基礎，大力推進體系建設規劃目標的實現
大力推進突發公共衛生事件應急體系建設規劃的編制與實施，強化衛生應急管理的綜合協調，夯實衛生應急工作的基礎。堅持工作重心下移，加強基礎能力建設；注重平急工作并舉，做好應急預防準備；強化應急隊伍建設，提高快速應對水平；努力構建統一指揮、結構合理、功能齊全、保障有力的突發公共衛生事件應急體系。
五、堅持預防為主的工作方針，切實做好衛生應急的各項準備工作
踐行預防為主、預防與應急相結合的原則，著眼于快速有效地應對各種突發公共衛生事件，立足于衛生應急常態下充分準備；完善衛生應急預案體系，建立衛生應急預案動態更新修訂機制，增強應急預案的針對性、有效性和可操作性；健全突發公共衛生事件監測預警制度，加強突發公共衛生事件監測預警和信息報告網絡系統建設，完善自然災害衛生應急信息報告管理系統，推進省級突發公共衛生事件應急指揮系統項目建設的完成，逐步實現全國衛生應急工作聯網互通；進一步完善衛生應急物資儲備協調調用機制，建立健全衛生應急救援隊伍裝備目錄與標準；完善突發公共衛生事件應急管理培訓制度，認真實施衛生應急培訓規劃，加強規范衛生應急演練；開展突發公共衛生事件危險因素監測預警和調查處理，建立公共衛生事件危險因素和可利用資源數據庫；建立客觀、科學的突發公共衛生事件評價指標和評估體系。
六、加強衛生應急工作聯防聯控，協調有序的應對突發公共衛生事件
完善突發公共衛生事件應急機制，加強衛生應急工作制度建設。完善部門和地區間聯防聯控機制及內地與香港、澳門三地間突發公共衛生事件的信息溝通和聯防聯控機制，聯合開展培訓、聯合演練和聯合督導檢查，提高合成應急、協同應急的能力，共同協調有效應對突發公共衛生事件。
七、完善公共衛生事件風險溝通機制，動員全社會協同應對公共衛生事件
學習貫徹《中華人民共和國政府信息公開條例》，依法規范、及時準確報告發布突發公共衛生事件信息；實施《全國突發公共衛生事件相關信息報告管理工作規范（試行）》、《突發公共衛生事件與傳染病疫情監測信息報告管理辦法》和《衛生部法定傳染病疫情和突發公共衛生事件信息發布方案》，完善信息管理，健全信息平臺，快速信息分析反饋，強化信息數據利用，規范信息報告發布。實施完善《突發公共衛生事件應急風險溝通指南》，編制和實施《突發公共衛生事件健康教育與健康促進工作指南》和《應對突發公共衛生事件宣傳教育手冊》，廣泛開展衛生應急健康教育和科普宣傳工作，提高公眾對突發公共衛生事件認知水平和防護能力，動員全社會共同應對突發公共衛生事件。
八、有效處置突發公共衛生事件，按照預案啟動相應級別的應對措施
深入貫徹《突發急性傳染病防控戰略》，切實提高突發急性傳染病等突發公共衛生事件的監測和應對能力；抓好鼠疫、傳染性非典型肺炎、人感染高致病性禽流感等嚴重威脅公共安全的重大突發公共衛生事件的防范和應對；規范不明原因肺炎監測、排查和管理以及群體性不明原因疾病應急處置；完善國家病原微生物衛生應急實驗室網絡，加強信息交流和資源共享，提高應對突發公共衛生事件的快速檢測、鑒定和處置能力；做好中毒、核和輻射損傷等事件的緊急醫學救援、反恐怖衛生應急、自然災害衛生應急和北京2008年奧運會等重大活動的衛生應急保障，有效應對其它各種突發公共衛生事件。
九、認真實施《國際衛生條例》，加強衛生應急工作國際交流與合作
強化監測預警、快速反應等實施《國際衛生條例》的核心能力建設；加強與有關國際組織、國家、地區在衛生應急管理、預防與準備、監測與預警、應急處置與救援、事后評估與重建等方面的合作與交流，不斷完善信息溝通機制、技術合作機制、資源共享機制和聯合防控機制；注重衛生應急策略和技術研究，善于總結推廣在實踐中積累的衛生應急管理工作經驗，不斷提高我國衛生應急管理工作水平。
